全国大会 特別賞について
ピアノ部門
ピアノ部門の各部１位入賞者に、野村賞、井口愛子賞を、中学校の部１位入賞者に福田靖子賞を贈る。
野村賞
全日本学生音楽コンクール及び日本音楽コンクールの創設者で、発足時から審査委員長、理事を務めた音楽評論家の故・野村光一氏の名前を冠した賞。第43回大会（1989年）から。
井口愛子賞
多くの優れたピアニストを育てた故・井口愛子氏をしのび、2004年11月、門下生が没後20年追悼コンサートを開催。生前の井口氏の意思を尊重し、収益金の一部が全日本学生音楽コンクールに寄贈された。第59回大会（2005年）から。
福田靖子賞
全日本ピアノ指導者協会（PTNA）創立者である故・福田靖子氏の遺志で、才能ある若いピアニストに国際経験を積んでもらい豊かな成長を促す目的で、福田靖子賞基金から寄託された。第67回大会（2013年）から。
バイオリン部門
バイオリン部門の各部１位入賞者に兎束（うづか）賞、東儀賞を贈る。
兎束賞
数多くのバイオリニストを育て、東京芸術大学名誉教授や昭和音楽大学副学長にも就いた故・兎束龍夫氏の名前から付けられた。長年、全日本学生音楽コンクールと日本音楽コンクールの審査員も務めた。第43回大会（1989年）から。
東儀賞
全日本学生音楽コンクール大阪大会の審査員を務め、関西の若手バイオリニストや教育者の育成に尽力した故・東儀祐二氏の業績をしのび設立。第47回（1993年）から。
声楽部門
声楽部門の各部１位入賞者に佐々木成子（ささき・さだこ）賞を贈る。
佐々木成子賞
日本で初めてリート（歌曲）歌手としての地位を確立し、文化交流や後進の指導にも尽力した佐々木成子氏の業績をしのび設立。第74回（2020年）から。
サントリー芸術財団名器特別賞
バイオリンの世界的名器の貸与を通して若手音楽家を育成することを目的に、第68回大会から創設。全国大会バイオリン部門中学校、高校の部出場者のうち、日本で音楽を学び、本賞によるバイオリン貸与を希望する者（国籍不問）に対して、サントリー芸術財団が所蔵するJACOB STAINER（1669年製作）、GENNARO GAGLIANO（1774年製作）、JEAN－BAPTISTE VUILLAUME（1855年製作）、ANGELO TOPPANI（1740年製作）、TOMASO CARCASSI（1751年製作）のうちいずれか１丁を無償で３年間貸与する。毎日新聞社、公益財団法人サントリー芸術財団、コンクール諮問委員、楽壇の有識者らで構成する「選定委員会」が受賞者１人あるいは複数人を決定する。
その他
小学校の部１位入賞者に毎日小学生新聞賞を、高校／大学の部1位入賞者にNHK会長賞を贈る。各部1位入賞者に音楽奨励賞を贈る。
毎日小学生新聞賞
第67回大会（2013年）から。
NHK会長賞
第1回大会（1947年）から。第74回大会から「日本放送協会賞」より名称変更。
音楽奨励賞
各部1位入賞者に贈る。
横浜市民賞
一般公募した横浜市の市民賞選定員24人（予定）が、投票で各部から受賞者を選ぶ。受賞者は翌年以降の「クラシック・ヨコハマ」（主催：クラシック・ヨコハマ推進委員会、横浜市、毎日新聞社）などへの出演機会が与えられる。第61回大会（2007年）から。
